生殖器疱疹最显著的症状是一群有流动性液体的水疱，生殖器疱疹初期症状显示为碎裂后会发生痛苦的溃疡现象，在溃疡之后会结痂然后自愈。这个自愈的过程可能会持续几天。生殖器疱疹前期症状显示为在患者的皮肤上有一些小疹子和丘疹的小肿块。还有些人有一些其他的症状像小便疼痛，在一些女性中生殖器疱疹中会出现为阴道有液体排出。
所谓的生殖器疱疹疾病通常是从感染到发病的潜伏期为2～7天。生殖器疱疹发病时及发病前期患者有头痛、肌痛、发热、无力等全身症状。生殖器疱疹前期症状表现为外隂部出现一个或多个红色小丘疹，瘙痒;继之丘疹迅速变成成群的小水泡，内含淡黄色渗液。女性皮损好发于隂唇、隂道和肛周。疱疹病毒如果感染隂道、宫颈，生殖器疱疹前期症状引起隂道炎、宫颈炎，会出现白带大量增多，阴道大量排液的症状，但宫颈和阴道发生泡状病损的情况是非常少见的。
在初次传染后生殖器疱疹前期症状也可能会有雷同流感的症状，包含发烧和腹股沟淋趋承肿不小。症状的通常是没有特定的模式。有的患者可能一年发生发作一次，还有些人可能几个礼拜就发生发作一次。在突发疾病之前，生殖器疱疹初期症状可能会感受到传染区域的疼，痒，发麻以及灼热等等感觉，还可能感受到骨盆或下沿到腿的锐痛的感觉。
